Los Estados Partes y Asociados del MERCOSUR que poseen carreras acreditadas elegibles y participan del MARCA, designan un Punto Focal a través del órgano nacional responsable de Educación Superior con representación en la CAES. A su vez, se designa por consenso una Unidad de Gestión (UG) por un período máximo de dos años. Esta es de carácter rotatorio entre los países que participan del MARCA y está conformada por personal técnico de un organismo gubernamental del país designado para tal fin.
Las instituciones de educación superior que se presenten a las convocatorias del Programa designan oficialmente un Coordinador Institucional y un Coordinador Académico para cada carrera acreditada.
Estos coordinadores se encuentran en contacto directo con el Punto Focal de su país y tienen a su cargo la correcta implementación del Programa al interior de las instituciones participantes, en particular el asesoramiento a los estudiantes y docentes que formen parte de las actividades de movilidad.