El Programa MARCA se estructura a través de proyectos de asociación académica mediante la conformación de redes integradas por carreras universitarias de grado acreditadas por el Sistema de Acreditación Regional ARCUSUR.
En cada convocatoria las carreras presentan su proyecto de asociación, de composición multilateral, y conformado bajo objetivos específicos acordados por la red. Entre las actividades financiables se incluyen la movilidad de estudiantes, de docentes-investigadores y de coordinadores.