El NEIES se crea a partir del Plan Estratégico 2006-2010 del Sector Educativo del MERCOSUR. Sus propósitos son impulsar la reflexión y producción de conocimiento de la Educación Superior en el MERCOSUR vinculada a la integración, promover investigaciones en la temática y proponer iniciativas que nutran las estrategias definidas por la CAES, así como el proceso de formulación de políticas públicas sobre educación superior en el MERCOSUR.

Entre sus acciones se destacan la publicación de la Revista digital Integración y Conocimiento, el financiamiento de redes académicas de investigación en temas claves para la Educación Superior en el MERCOSUR, integradas por universidades de la región; y la realización de seminarios, cursos, estudios y publicaciones.